W zasadzie najkrótszą do opisu jest faza II czyli faza aktywnego leczenia która ma na celu eliminację i zniszczenie L form bakterii poprzez stosowanie mieszanki ziół. Niestety tylko wąskie grono ziół oddziałuje na L formy.

Zniszczenie L form bakterii powoduje ustąpienie objawów choroby z dwóch powodów. Komórki gospodarza w których znajdowały się L formy bakterii nie są już atakowane przez przeciwciała które zostały skierowane przeciw tym L formom bakterii oraz nie wytwarzane są toksyny bakteryjne które zaburzały prace komórek gospodarza.